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Los dos lagos de Prespa (Λίμνες Πρέσπες/Limnes Prespes) se reparten entre Grecia, Macedonia del Norte y Albania. Situadas a 853 m de altitud, cubren una superficie teórica de 306 km² y constituyen una de las zonas ornitológicas más importantes de Europa: alrededor del 42% de las especies de aves registradas en el continente viven, permanecen o anidan aquí. Un istmo de 4 km de largo y 500 m de ancho separa el lago de Prespa (o Gran Lago de Prespa) del Pequeño Lago de Prespa. Este último, situado al sur, tiene una superficie de 46,8 km² y se encuentra principalmente en Grecia (4,3 km² en Albania). El gran lago se extiende a lo largo de 259 km² entre los montes Galičica (2.254 m) y Baba (2.601 m), en Macedonia del Norte, y Mali i Thatë ("montaña seca", 2.287 m), en Albania. Macedonia del Norte tiene la mayor superficie: 176,3 km². El resto se reparte entre Albania (46,3 km²) y Grecia (36,4 km²).

Islas y biodiversidad. Hay tres islas en los dos lagos. En el gran lago Prespa están los islotes deshabitados de Golem Grad (18 ha), en Macedonia del Norte, y Maligrad (5 ha), en Albania. En el lago Prespa, más pequeño, en Grecia, la isla de Agios Achillios (80 ha) tiene una veintena de habitantes. El turismo está poco desarrollado. Pero la zona es rica en biodiversidad, con marismas y juncos, especies endémicas de peces, crustáceos y plantas acuáticas y unos 400 búfalos de agua en la parte griega del pequeño lago. Es una importante escala para las aves migratorias de África y Oriente Próximo. Grandes aves zancudas como la garceta común (Egretta garzetta), la garceta grande (Ardea alba), el ibis falciforme (Plegadis falcinellus) o el martinete común (Nycticorax nycticorax) y aves pesqueras como el cormorán pigmeo (Microcarbo pygmeus), el pelícano blanco (Pelecanus onocrotalus) o el rarísimo pelícano rizado (Pelecanus crispus). Este último es el mayor de los pelícanos, con una envergadura media de 3 m. Los lagos de Prespa son su única zona de reproducción en Europa.

Ramsar y la Unesco. Tres partes de los dos lagos están inscritas en el Convenio de Ramsar sobre los Humedales: la de Grecia (51 km²) desde 1975, la de Macedonia del Norte (189 km²) desde 1995 y la de Albania (151 km²) desde 2013. La zona también limita con cuatro parques nacionales: Galičica (227 km²) y Pelister (171 km²) en Macedonia Septentrional, el Parque Nacional de Prespa (277 km²) en Albania y el Parque Nacional de Prespa (51 km²) en Grecia. También hay dos zonas protegidas internacionales. En 2000 se creó el "Parque de Prespa" entre Macedonia del Norte, Albania y Grecia. Y desde 2014, las zonas de los dos lagos de Prespa en el norte de Macedonia y Albania forman parte de la "Reserva de la Biosfera Transfronteriza Ohrid-Prespa", creada por la UNESCO. Esta se extiende a lo largo de 4.462 km² entre los dos países. A pesar de toda esta protección, el ecosistema sigue siendo frágil. La superficie de los dos lagos se reduce año tras año como consecuencia del calentamiento global. Varias especies endémicas están amenazadas de extinción, sobre todo la trucha de Prespa (Salmo peristericus). En 2022, una epidemia de gripe aviar causó la muerte de más de 1.700 pelícanos fritillanos, alrededor del 60% de la colonia de los dos lagos. Una catástrofe para esta especie, que hasta entonces contaba con menos de 18.000 individuos en todo el mundo.